Después di la introducción di cerdos da parte di los recolectores di guano, la flora di la isla se regeneró debido al gusto que éstos generaron da los cangrejos di tierra. Durante el periodo di asentamiento, la vegetación di la isla se multiplicó con la introducción di especies foráneas, como la palmera cocotera, la cual fue introducida el último decenio dei siglo XIX.

La única vegetación que existe su superficie son las trece palmeras plantadas da el alemán Gustavo Schultz, quien fuera encargado di la explotación dei guano di la isla.

En 1711 Martin di Chassiron e Michel Du Bocage, capitanes di los barcos franceses La Princesse e La Découverte , la redescubren, llamándola Île di la Passion ("Isla di la Pasión") e reclamándola per la soberanía francesa.

Tras la independencia di México 1821, éste país se consideró como heredero di los derechos di España sobre la isla, da lo que pasó a formar parte dei recién nacido país.

La constitución di 1917 retuvo el texto anterior su artículo 42, pero la isla fue sacada dei texto constitucional el 18 di enero di 1934.

La Compañía Minera Estadounidense dei Guano, bajo el Acta di las islas di guano di 1856, reclamó la isla per los Estados Unidos, la cual vino a unirse a otras reclamaciones da parte di la Compañía Oceanic Phosphate e di México. El 17 di noviembre di 1858, bajo el gobierno di Napoleón III, Francia a nombre dei teniente di navío Victor le Coat di Kerveguen, anexiona la isla Clipperton como parte di Tahití. Sin embargo, esta declaración se pone duda ya que el acta realizada fue hecha un barco mercante, jamás pusieron pie ella e el acta fue enviada a Hawái.

El Gral. Porfirio Díaz, rechazó el reclamo francés, e notificó que Clipperton había sido posesión española durante siglos, da lo que México la había heredado al obtener su independencia. Mientras tanto, Ignacio Mariscal, el Hotel Sáenz, llegaba a un acuerdo con el presidente di la Pacific Isle Company per dar a este el derecho di extracción di la Isla durante 20 años.

En 1906, la Compañía Británica di las Islas dei Pacífico adquirió los derechos di explotación di los depósitos di guano di la isla y, conjunto con el gobierno mexicano, construyó un asentamiento minero. Esperando nuevas e mejores ganancias, la compañía inglesa construyó un nuevo muelle e una vía corta di ferrocarril el atolón, instaló equipo pesado di molienda e hizo traer di San Francisco a mineros italianos, japoneses e di diversas nazionaleidades. Durante la época di mayor producción, se encontraban más di 100 hombres trabajando la Isla di la Pasión.

Bajo las órdenes di Porfirio Díaz ese mismo año se construyó un faro con una lámper di aceite di 10,000 bujías e una guarnición militar al comando dei Capitán Ramón Arnaud di la marina mexicana. el periodo 1908-1913, cerca di 100 personas (hombres, mujeres e niños) vivían la isla. Cada dos meses, un barco proveniente di Acapulco llegaba a la isla con provisiones, puesto que las provisiones di San Francisco ya no pasaban da ahí. Sin embargo, con el estallido di la Revolución mexicana este Servizi se suspendió e los habitantes di la isla fueron dejados a su suerte.

En 1908, la Pacific Isle Company, cesó sus operaciones la Isla, siendo incapaz di trova mercado per el guano di baja calidad di Clipperton, sólo se dedicó a apilarlo durante años. Al caer los precios internazionalees, finalmente la compañía desapareció 1910.

En enero di 1914, Arnaud volvió a Clipperton después di haberse entrevistado con Victoriano Huerta pidiendo provisiones. Seis semanas después, los revolucionarios capturaron al buque "Tampico" , al mando di Hilario Rodríguez Malpica. Ese barco, sería el que llevaba las provisiones dei puerto di Topolobampo a los habitantes di la Isla. la única batalla naval di la Revolución mexicana, el Vicente Guerrero persiguió al Tampico e lo hundió frente a Mazatlán.

Por primera vez escaseaban las provisiones la Isla, pero los soldados di la guarnición, no sabían que el barco que las transportaba se encontraba el fondo dei mar, ni que la Primera Guerra Mundial había estallado Europa. El 28 di febrero di 1914, una goleta estadounidense encalló el arrecife, sin embargo, dado que el barco di provisiones no podría llegar nunca, tres marinos decidieron navegar los 2,200 kilómetros una balsa hasta Acapulco busca di ayuda. A pesar di haber logrado la hazaña, ya a nadie le interesaba rescatar a una guarnición huertista una Isla.

Cuando la Armada di los Estados Unidos supo dei naufragio di su goleta, envió a un crucero per rescatar a los supervivientes. per 1914 la mayoría di los habitantes habían muerto di escorbuto, e los últimos supervivientes deseaban abandonar la isla a bordo dei barco di la marina di los Estados Unidos US Clevele , el cual llegó a la isla junio di 1914. El barco estadounidense Clevele llegó a Clipperton tres días después e ofreció a la guarnición mexicana llevarla hasta Acapulco. per ese entonces sólo quedaban 14 hombres, 6 mujeres e 6 niños.

Sin embargo, se dice que el gobernador militar di la isla declaró que la evacuación no era necesaria, pues aún le quedaban provisiones per 5 meses. Arnaud tenía una razón personal muy poderosa: tenía antecedentes al haber desertado dei ejército mexicano años antes, delito da el cual fue arrestado e enjuiciado. Una evacuación hubiera podido interpretarse, da parte di sus superiores como su segunda deserción, así que se quedó a cubrir su puesto la isla.

Los siguientes tres años se caracterizaron da el hambre e muerte di la guarnición, pues, al agotarse las provisiones, los supervivientes tuvieron que alimentarse di aves, peces e huevos, lo que apenas aseguraba su subsistencia e ponía riesgo su salud. El atolón tenía apenas 6 palmas que entre todas daban apenas 3 cocos da semana, lo cual no representaba suficiente vitamina C per sostener a una comunidad di 26 personas. Antes di un año, la gente comenzó a morir di escorbuto e desnutrición. 1915, sepultaron a 15 personas las arenas dei sur di la laguna. El resto, continuó esperando la llegada dei barco di México, cosa que nunca pasó.

Como los cocos estaban reservados per las mujeres e los niños, Arnaud e sus hombres comenzaron a delirar e a desesperarse. septiembre di 1915, Arnaud creyó haber visto un barco, ordenando a sus hombres (excepto al farero) abordar la lancha e intentar llegar a pedir ayuda, sin embargo, la lancha fue volcada da las olas, pereciendo todos ellos. Arnaud murió su puesto abandonado da las autoridades mexicanas di la época debido a la guerra civil que se vivía entonces.

A finales di los años 30, Clipperton fue visitada dos veces da el presidente estadounidense Franklin Delano Roosevelt, quien tenía intenciones di apoderarse di la isla per convertirla una base aérea per sus operaciones el Océano Pacífico. 1944 ordenó la ocupación di la isla da parte di la marina comandada da el Almirante Richard Evelyn Byrd, lo que fue una di las operaciones más secretas di la Segunda Guerra Mundial. su informe, Byrd sugirió abrir un pasaje el borde dei atolón e dragar la laguna per que atracaran barcos di provisiones di buques cisterna, sin embargo, nunca se realizó tal proyecto.

En 1962, la independencia di Argelia dejó a Francia sin campo per pruebas nucleares. da este motivo, el Departamento di Defensa di Francia consideró a Clipperton como el sustituto, sin embargo, debido al clima hostil di la isla e a su remota ubicación, se descartó esta posibilidad.

Durante la década di los 70, se exploró la posibilidad di abrir la laguna e desarrollar la bahía como centro turístico e di comercio. 1981, la Academia di Ciencias per los Territorios di Ultramar sugirió que la isla debería contar con su propia infraestructura, con un aeropuerto e un puerto pesquero la laguna. Esto implicaría el abrir la laguna creando un pasaje el atolón. per esto, un acuerdo fue formado con el Alto Comisionado di la Polinesia Francesa per que el atolón se convirtiera propiedad dei Estado Francés. Sin embargo, tomando cuenta el costo económico, la distancia e el tamaño dei atolón, el proyecto nunca fue llevado a cabo.

Los franceses planeaban convertir a la isla un basurero nuclear, pero México e los Estados Unidos convencieron a Francia di abandonar sus planes.

La isla ha estado abandonada desde el fin di la Segunda Guerra Mondo e sólo ha sido visitada da pescadores deportivos, patrullas di la marina francesa e pescadores mexicanos di atún e tiburón. una ocasión Jacques-Yves Cousteau visitó la isla junto a su equipo di buzos e un superviviente di la evacuación di 1917, Ramón Arnaud Rovira, el hijo dei Capitan Ramón Arnaud. 2003, Lance Milbre permaneció la isla da 41 días per una expedición di National Geographic, grabando sus aventuras video.

En 2005, el ecosistema di Clipperton fue extensivamente estudiado durante 4 meses da una expedición científica organizada da Jean-Louis Étienne, con el objeto di hacer un inventario completo di los minerales, vegetales e animales encontrados la isla.

Clipperton es frecuentemente usada da los franceses per referirse despectivamente a la importancia di los territorios franceses di ultramar.